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首頁 華大概況 新聞中心 會務活動 單細胞組學實用技術分析培訓班

單細胞組學實用技術分析培訓班

發布日期:2019/04/19 瀏覽次數:

舉辦地點:深圳.華大總部

培訓時間:2019516-19


    單細胞測序是指通過對單個細胞不同組學層面,如基因組、轉錄組及表觀基因組等進行高通量測序,獲得單細胞分辨率的數據信息,進而進行細胞身份鑒定、新細胞類型發現、時序分析等的測序技術。單細胞測序可以解決用多細胞樣本測序無法解決的細胞異質性難題,為解析細胞群體中單個細胞的行為、機制及其與機體的關系等提供了新方法。

    為此,華大學院特開設《單細胞組學實用技術分析培訓班》,將華大寶貴的前沿技術經驗分享給各位同仁。本期講師團隊長期從事單細胞測序數據分析,在組學領域積累很豐富的項目經驗。


課程說明:自備電腦,推薦使用Maclinux操作系統的筆記本電腦!CPU 2G以上,內存4G以上,電腦請自備連接有線網絡的端口。


【培訓目標】

幫助學員學習掌握:


  •         多組學科學研究思路、項目設計方法
  •         單細胞轉錄組測序的基礎分析以及高級數據分析
  •         多組學整合分析



【培訓優勢】


  •         一流的講師——豐富的科研經驗、重大項目執行經驗
  •         全面的課程——技術原理、分析流程&技術應用相互結合
  •         全新的方法——使用開源的軟件&分析流程,更方便、快捷
  •         面對面解決問題——與信息分析、數據挖掘達人面對面探討項目中的瓶頸問題

【課程內容】


日期

時間

課程

內容

形式

/

/

預習資料

《新一代測序技術原理》-112mins

視頻自學

Linux 操作系統基礎 》-40mins

第一天

9:00-12:00

科研項目設計

1. 單細胞組學技術發展歷程和原理介紹

理論

2. 單細胞組學技術在科研中的應用:
   
設計思路和案例介紹

3. 單細胞組學和多組學整合分析思路
   
和案例介紹

14:00-15:30

精準醫療之
蛋白質組-轉錄組整合分析
蛋白質組-代謝組整合分析

1. 熱點、流程介紹、案例解析

理論

2. 文章作圖

15:45-18:00

單細胞建庫原理與操作

1. 樣本獲取和保存

理論

2. 單細胞實驗處理、建庫、測序

3. 獲取單細胞表達矩陣(RNA-seq 流程)

第二天

9:00-12:00

R安裝、
數據處理分析與繪圖

1. R語言簡介及安裝,RStudio的安裝
   
及使用說明

理論+實操

2. R語言語法介紹及常用命令

14:00-18:00

3. 數據處理功能及統計應用

4. R語言畫圖實操及ggplot2介紹、實操

第三天

9:00-18:00

單細胞
轉錄組繪圖和結果解讀

1. 聚類分析

理論+實操

2. marker gene等高級分析

3. 時序分析

第四天

09:00-12:00

多組學整合分析和結果解讀

1. 轉錄組,基因組,表觀分析介紹

理論+實操

2. RNA and ATAC-seq等多組學整合分析

14:00

深圳國家基因庫

集合乘車前往深圳大鵬國家基因庫

參觀考察

15:00-16:30

統一參觀深圳大鵬國家基因庫

16:45

集合乘車返程

【注】 :深圳市華大基因學院保留對以上課程信息(包括主題、課程安排和其他細節等)進行調整的權利,具體課程信息以實際上課為準。


【培訓對象】

從事單細胞研究(如利用單細胞組學技術進行癌癥,發育,疾病機制研究)的科研工作者和高校師生


【講師團隊】

注:排名不分先后,按姓氏首字母排序;


劉石平,遺傳學博士。2015年畢業于華南理工大學。自2009年加入華大研究院,從事單細胞基因組學、群體遺傳學、比較基因組學等生物信息研究工作8年多。

參與眾多國際重大的基因組學重大科研項目,如大熊貓基因組、北極熊群體基因組、G10K、癌癥單細胞計劃、Human Cell Atlas等。曾獲中國青少年科技創新獎,深圳市高層次人才,深圳市鹽田區生物產業高層次人才(優秀人才)。

目前主要研究單細胞多組學、腦科學等前沿領域。近五年已發表SCI論文14篇,其中Cell, Nature,Science CNS7篇,以第一作者或并列第一作者發表論文5篇。


以下展示部分發表文章:

1. Zhao Z,Goldin L, Liu S, Wu L, Zhou W, Lou H, et al. Evolution of multiple cell clonesover a 29-year period of a CLL patient. Nat Commun. 2016;7: 13765.doi:10.1038/ncomms13765.

2. Liu, S.,Lorenzen, E. D., Fumagalli, M., Li, B., Harris, K., Xiong, Z., … Wang, J. (2014). Population genomics reveal recent speciation andrapid evolutionary adaptation in polar bears. Cell, 157, 785794. doi:10.1016/j.cell.2014.03.054. 

3. Jex, A.R., Liu, S., Li, B., Young, N. D., Hall, R. S., Li, Y., … Gasser, R. B. (2011). Ascaris suum draft genome. Nature.doi:10.1038/nature10553.

4. Young, N. D.,Jex, A. R., Li, B., Liu, S., Yang, L., Xiong, Z., … Gasser, R. B. (2012).Whole-genome sequence of Schistosoma haematobium. Nature Genetics.doi:10.1038/ng.1065.


劉龍奇,細胞生物學博士,2015年畢業于中國科學院。現任華大生命科學研究院單細胞組學實驗室負責人。同時擔任西北大學兼職教授,鄭州大學兼職副教授,華大基因學院高級講師。曾獲中科院院長獎學金,深圳市高層次人才,深圳市鹽田區“梧桐人才”。

目前主要負責高通量單細胞多組學測序新技術和產品研發工作,在細胞命運轉變,表觀遺傳學,基因表達調控,單細胞多組學整合分析等方面具有豐富的經驗。

5年來以第一或通訊作者在Cell Stem Cell, Nature Materials, Nature Communications等雜志上發表論文或評論多篇。


以下展示部分發表文章:

1. Liu L, Xu Y,He M, Zhang M, …, Esteban MA. (2014).Transcriptional pause release is a rate-limiting step for somatic cellreprogramming. Cell Stem Cell 15, 574-588.

2. Xu Y, Liu L#,Laslett AL, Esteban MA#. (2013). Cell reprogramming: Into the groove. NatureMaterials 12, 1082-1084. 

3. Liu L, Liu C,… Xun Xu. (2018) Deconvolution of Single-cellmulti-omics layers reveals regulatory heterogeneity. Nature Communications.10(1): 470.

4. Liu L, Leng L,… GeL. (2018). An integrated chromatin accessibility and transcriptome landscape ofhuman pre-implantation embryos. Nature Communications. 10 (1): 364.


戚達, 計算機科學博士, 華大基因蛋白質方向資深課程顧問,蛋白質組學研究專家。2008年獲得威爾士大學計算機科學博士學位。2011年在英國利物浦大學開始從事蛋白質組學信息分析研究,主要參與歐盟第七框架計劃資助的ProteomeXchange項目,作為HUPO-PSI工作組的成員,制定蛋白質組學標準數據格式,包括定量蛋白質組標準mzQuantML,代謝組標準mzTab等格式的制定,開發與Pride數據庫相關的軟件。2016年負責英國生物技術和生物科學研究理事會(BBSRC)牛頓基金資助的英國-中國-泰國-菲律賓-越南可持續水稻計劃項目,開發生物信息分析流程,利用蛋白基因組學方法,提高水稻基因注釋的可靠性以及發現新的未知基因。2017年加入華大基因,擔任蛋白質生物信息平臺負責人。主攻基于質譜的蛋白質組學,代謝組學數據標準化建設,大數據深度挖掘,智能生物信息分析系統開發。截至當前,在國際著名學術期刊發表文章10余篇,開發商業化軟件ProteoLabels的原型。具有豐富的生物信息分析經驗和項目經驗,教學舉一反三。

以下展示部分發表文章:

1.    Z. Ren, D. Qi, N. Pugh,K. Li, B. Wen, R. Zhou, S. Xu, S. Liu, A. R. Jones, Improvements to the ricegenome annotation through large-scale analysis of RNA-Seq and proteomicsdatasets, Molecular and Cellular Proteomics, November 2018,mcp.RA118.000832; https://doi.org/10.1074/mcp.RA118.000832.

2.     D. Qi, C. Lawless,J. Teleman, F. Levander, S. W. Holman, S. Hubbard, A. R. Jones, Therepresentation of selected-reaction monitoring data in the mzQuantML datastandard, Proteomics, 2015, 15(15): 2592-96. doi:10.1002/pmic.201400281.

3.     D. Qi, R.Krishna, A. R. Jones. The jmzQuantML programming interface and validator forthe mzQuantML data standard, Proteomics, 2014, 14(6): 685-8.doi:10.1002/pmic.201300281.


夏軍,華大智造項目經理,主要負責胚胎植入前檢測以及單細胞測序方向產品的研發。

先后負責孕婦外周血胎兒有核紅細胞分離應用,胚胎植入前遺傳傳學篩查試劑盒開發、胚胎植入前胚胎單基因病和染色體異常一體化檢測技術開發與stLFR建庫試劑盒開發等項目。

已發表SCI文章3篇,申請專利4項。在胚胎植入前檢測和單細胞建庫測序方向有豐富的經驗。


【注冊費】

注冊費:5000/


注:

1、費用含包括學費、資料費、實操練習費、其他材料費及午餐費;

2、培訓期間可協助安排住宿,住宿費用自理;


【優惠政策】

1.華大業務合作伙伴/培訓班老學員,可享9.5折優惠,即:4750/人;

2. 轉發分享此文至朋友圈并帶上【報名參加】的評論,可享9折優惠,即:4500/人;

3. 5人及以上團體報名參加本期培訓,可享8折優惠,即:4000/人;


注:以上三項優惠不能同時使用,最終優惠解釋權歸華大學院所有!


【報名方式】

長按識別二維碼,填寫報名信息,提交并支付,即可報名成功。

【注意事項】

1. 報到通知

報名成功者,將會在5918:00之前收到會務組的郵件報到通知。

為方便大家報名,可提前下載本期培訓的《會議通知》或《培訓通知》用于申請經費,點擊鏈接,即可下載。

會議&培訓通知

鏈接:https://pan.baidu.com/s/1dy9sCIM_zF12uyBsBF5bdQ

提取碼: nk3f


2. 支付方式

可通過微信/支付寶/銀行匯款三種方式支付培訓費。

若您選擇銀行匯款請在5918:00前轉賬匯款,逾期不保留名額。

*** 匯款信息 *** (國內)
人民幣:XX 元(請根據個人報名情況進行相應金額的匯款)
  行:中國工商銀行深圳保稅區支行
開戶名稱: 深圳市華大基因學院
 號:4000 0255 0920 0144415

匯款時請務必標明“單細胞+姓名”

成功匯款后將您的匯款憑證掃描或拍照后發到郵箱[email protected]

3. 發票

2019年5918:00前付款可在培訓期間獲取發票。

請務必準確填寫報名表單的發票信息,因個人填寫信息錯誤導致發票有誤,不予重開!發票信息建議提前與貴單位財務部門確認。

4. 結業證書

完成培訓的學員,將獲得由深圳市華大基因學院頒發結業證書。


【聯系方式】

時間:周一至周五  9:00-12:00,14:00-18:00

電話:0755-36352044  韓老師 桂老師

郵箱:[email protected]


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